Для решения религиозной распри император Священной Римской империи Карл V созвал имперский сейм в Аугсбурге (1530). Протестанты представили сейму изложение своего вероучения, составленное Меланхтоном. (Это так называемое Аугсбургское исповедание веры.)
В следующем году протестантские князья заключили между собой союз в городе Шмалькальдене, чтобы оружием защищать Реформацию, если католики захотят употребить силу (1531).
Карл V редко бывал в Германии. Занятый войнами с французами и турками и нуждаясь в помощи германских князей, он долго не принимал решительных мер против Реформации. Наконец, когда прекратились его войны с Франциском I, он решился смирить непокорных протестантов.
Лютер умер перед самым началом Шмалькальденской войны в своем родном городке Эйслебене, в 1546 году. Но главы этого союза курфюрсты саксонский Иоанн Твердый (брат и преемник Фридриха Мудрого) и ландграф гессенский Иоганн-Фридрих Великодушный действовали очень вяло. Притом даровитейший из протестантских князей, саксонский герцог Мориц, родственник саксонского курфюрста, изменил своей партии и перешел на сторону Карла V.
Протестанты были побеждены (1547). Оба предводителя попали в плен и были осуждены на заключение, а герцог Мориц в награду получил от императора Саксонское курфюршество.
Но следует сказать, Карл умеренно обошелся с побежденными протестантами. Когда он вступил в Виттенберг, один епископ предложил ему вынуть из могилы тело еретика Лютера и сжечь. «Я не веду войны с мертвыми, - отвечал Карл. - Он уже нашел своего судию».
Однако торжество императора продолжалось недолго. Могущество Карла V стало опасным для германских князей, а испанские и итальянские войска обременяли Германию. Тот же Мориц Саксонский (тщетно просивший Карла V об освобождении своего тестя Иоганна-Фридриха Великодушного) стал решительным защитником протестантизма и княжеской самостоятельности.
Он тайно заключил союз с французским королем и совсем неожиданно двинулся в Тироль, где находился тогда император, следивший за совещаниями Тридентского собора.
Карл V едва не был захвачен в плен и с трудом спасся бегством через Тирольские горы. Он не имел под рукой запасных войск и вынужден был заключить с протестантами перемирие.
А спустя три года противоборствующие стороны заключили религиозный мир на имперском сейме в городе Аугсбурге (1555). По Аугсбургскому миру протестанты получили свободу вероисповедания. Но право менять религию предоставлялось лишь князьям, подданные должны были держаться одного исповедания со своим князем (лат.cujus regio, ejus religio — какова власть, такова и религия).
Католики настаивали, чтобы духовные князья в случае перемены религии лишались своего сана и своих доходов. Но протестанты не соглашались, и этот пункт (названный reservamm ecclesiastic urn — свободный для обсуждения) остался нерешенным.
В следующем году Карл V отрекся от престола. Уже давно он страдал подагрой и другими болезнями; притом у него была заметная наклонность к меланхолии. В последние годы эта меланхолия усилилась от разных неудач. Карл решился провести остальное время жизни в тихом монастырском уединении.
Свои обширные владения он разделил между братом Фердинандом и сыном Филиппом. Фердинанд, король Венгрии и Богемии, еще прежде получил от него наследственные земли Габсбургского дома (Австрийское герцогство. Тироль, Каринтию, Штирию), он же был избран преемником Карла V. Все другие свои владения Карл передал сыну Филиппу.
Обряд отречения императора от престола совершился в Брюсселе, в блестящем собрании нидерландских чинов. Карл явился в зал собрания, опираясь на плечо молодого принца Оранского, Вильгельма. Императору было пятьдесят шесть лет, но болезни изнурили его тело, и он казался гораздо старше. Он был одет в траурное платье, и единственным украшением служила ему великолепная цепь ордена Золотого Руна на шее. Карл произнес прощальную речь; затем обратился к Филиппу и увещевал его любить своих подданных, соблюдать справедливость и оберегать католическую религию. Все собрание было тронуто и прослезилось. Филипп преклонил колени и обещал отцу неукоснительно исполнить его заветы.
После отречения Карл V поселился в монастыре Св.Юста (в испанской провинции Эстремадура), отличавшийся чистым воздухом и расположенный посреди живописных холмов, кедровых и померанцевых рощ. Для него построили здесь красивый домик, и император прожил еще около двух лет, занимаясь садоводством, механикой, посещением церковной службы. Однако по привычке он усердно следил за политикой, получал от сына подробные известия о государственных делах и снабжал его своими советами, так что курьеры беспрерывно скакали от отца к сыну и обратно.
Карл V умер в 1558 году в монастыре Св.Юста в Испании.
Таким образом, Габсбургская династия разделилась на две линии: австрийскую и испанскую. Из австрийской линии постоянно избирались германские императоры. Правление императоров Фердинанда I (1556—1564) и особенно сына его Максимилиана II (1564—1576) прославилось осторожной и благоразумной политикой. Они больше всего заботились о сохранении спокойствия внутри Германии и не употребляли силу оружия против протестантов.
Общее историческое значение протестантской Реформации громадно. Протестантизм продолжал усиливаться и распространяться в Германии и после аугсбургского религиозного мира, но вместе с тем стала усиливаться и католическая реакция, преимущественно стараниями иезуитов. Во второй половине 16 века это привело к деспотическому вмешательству князей в церковные дела, к утверждению в лютеранстве сухого формализма, мелочным богословским спорам и религиозным раздорам.
Религиозная Реформация 16 века вызвала целый ряд войн как междоусобных, так и международных. Особенно страшной для Германии была Тридцатилетняя война. Многие города были совершенно разорены, множество сел исчезло, на их месте образовались пустынные пространства. Хроники свидетельствуют, что в течение этой войны было уничтожено больше половины народонаселения.