Рудольф II - сын и преемник Максимилиана I Габсбурга. Принц Рудольф воспитывался при испанском дворе иезуитами. Взойдя на престол, он проводил политику католической реакции, вызывавшую сопротивление в подвластных землях. Антигабсбургское движение 1604—1606 годов под руководством Иштвана Бочка и вынудило Рудольфа II пойти на ряд уступок венграм; выступление чешских сословий заставило его подписать в 1609 году Грамоту величества, предоставившую Чехии свободу вероисповедания.
Положение Рудольфа II на престоле осложняла его душевная болезнь. В ходе междоусобной борьбы с братом Матвеем (Матиасом) император был вынужден уступить ему в 1608 году Верхнюю и Нижнюю Австрию, Венгрию и Моравию, а в 1611 году и Чехию.
Во время правления Рудольфа II Священная Римская империя германской нации вела 15-летнюю или первую «долгую войну» против Порты (турок-османов). Первоначальные успехи турецкой армии, которой удалось в 1593 году овладеть рядом крепостей на Дунае сменились успехами имперской армии, которой удалось отбить обратно у турок важную крепость Рааб, захватить древнюю столицу венгров Штульвайссенбург (Секешфехервар) и временно захватить Буду в 1600 году.
Однако постепенно война вылилась в мелкие операции, что истощило ресурсы обеих сторон. Кроме того, в Трансильвании в 1604 году вспыхнуло движение местного дворянства, возглавляемое Стефаном Бочка, который ловко использую претензии протестантского венгерского дворянства к католическому двору Вены, попытался также перенести огонь войны в Венгрию.
В этой смуте впервые созрел альянс младших братьев Рудольфа – Матфея (или иначе Маттиаса) и Максимилиана с целью отстранить Рудольфа II отвласти. Причем братья выступали своеобразным гарантом религиозных свобод венгерского дворянства. Рудольфа до 1606 года связывала война с Портой, которая не позволяла ему решительно бороться с мятежными братьями.
Наконец, в 1606 году с турками был подписан мир. По нему Империя оставляла за собой Рааб, но уступала все прочие завоеванные земли Порте. По сути это означало восстановление довоенного статус-кво. Тем не менее, Габсбурги этим самым развязывали себе руки и пусть с непрочными гарантиями мира на юго-востоке могли вступить впоследствии в Тридцатилетнюю войну.
Тем временем борьба братьев продолжалась, причем и Рудольф и его оппоненты пытаясь завоевать себе союзников – первый среди богемского дворянства, а Матфей – среди венгерского, ценой, прежде всего, уступок сословиям Богемии и соответственно Венгрии.
Так Матфей фактически ликвидировал все достижения Рудольфа по рекатолизации и онемечиванию венгерской территориальной администрации. Всевозможные раздаваемые гарантии и свободы, манипуляции сословным мнением в ходе семейного кризиса Габсбургов расшатывали позиции короны в важнейших наследственных землях, в первую очередь, как было уже сказано, в Венгрии и Богемии.
Впоследствии во время Тридцатилетней войны, эти земли были вновь «поставлены в строй» и рекатолизированы, и потом надолго стали одними из основных опор Империи.
Наконец, в 1608-11 годах состоялся последний раунд борьбы между Рудольфом и Матфеем. Рудольф был вынужден сначала отказаться от короны Венгрии, Моравии и наследственных земель в Австрии, а затем и от чешской короны, оставив за собой только титул императора.
В 1611 году войска, собранные в западных районах Империи, на Рейне для защиты интересов Рудольфа, не получая жалования, взбунтовались и решили возместить «издержки» за счет жителей Праги. Чехи, крайне раздраженные этим, приняли сторону Матфея. В этих условиях Рудольф был вынужден отказаться и от богемской (чешской) короны.
Он отрекся 18 августа 1611 года, проведя остаток жизни затворником в Градчанах, имея только формальный императорский титул. В январе 1612 года он скончался, как утверждают некоторые в состоянии полнейшего безумия. В том же году Матфей был избран императором. Попутно заметим, что последние годы правления Рудольфа II были отмечены также кризисом имперских институтов по решению. межконфессионных споров (между католиками и протестантами), таких как камеральный суд, а также рейхстаг. В таких условиях и протестанты и католики были вынуждены перейти к созданию альтернативных структур, которые могли бы защитить их интересы. Так в мае 1608 года была создана Евангелическая (протестантская) Уния, а в июле 1609 года – Католическая лига. Таким образом в Империи происходила поляризация религиозно-политических сил, и логика событий уже сама вела к будущей Тридцатилетней войне…